Durante le Guerre Napoleoniche la famiglia reale portoghese risiedeva in Brasile, che era passato da colonia portoghese a regno. La maggior parte della famiglia tornò in Europa nel 1821, ma il figlio maggiore del re, Dom Pedro, rimase in brasile per governarlo. Il 7 Settembre 1822 proclamò l'indipendenza del Brasile.

La nuova bandiera nazionale era formata da uno sfondo verde con un diamante giallo e lo stemma imperiale al centro che conteneva una stelle per ogni stato del Brasile. Si dice che i colori fossero stati suggeriti dalla moglie di Dom Pedro, una discendente degli Asburgo. I suoi colori imperiali erano il giallo ed il nero, mentre la casa reale di Bragança (alla quale Dom Pedro apparteneva) era rappresentata dal verde. Così il giallo ed il verde vennero scelti come colori del Brasile: questi vennero anche associati alla grossa presenza di vegetazione e minerali, in particolar modo di oro.

La repubblica fu proclamata nel 1889, ma la bandiera non subì grosse modifiche. Il verde ed il giallo rimasero, mentre lo stemma imperiale fu sostituito da un disco blu contenente una banda bianca e una stella bianca a 5 punte per ogni stato della federazione; i colori bianco e blu erano un retaggio delle origini Portoghesi della nazione (i due colori erano presenti nello stemma portoghese). Al centro della banda bianca fu inserito il motto ottimista "Ordem e progresso" (ordine e progresso).

Il numero degli stati cambiò durante gli anni e di conseguenza la bandiera creata il 24 Novembre 1989 fu modificata nel 1960, 1968 e nel 1971 prima di assumere la sua forma definitiva il 12 Maggio 1992. Le 27 stelle della bandiera rappresentano ora i 26 stati della federazione ed il distretto federale. A differenza delle stelle presenti nella bandiera statunitense, quelle "brasiliane" non furono automaticamente modificate quando le singole zone vennero elette a stato.
Le stelle, infine, sono di differenti dimensioni e sono posizionate in maniera non lineare per rappresentare le costellazioni visibili dal Brasile.