Il lungo sviluppo costiero ed i numerosi fiumi rappresentano un notevole potenziale per lo sviluppo del trasporto per via d'acqua. Tuttavia, questo tipo di trasporto che oggi in Brasile riguarda circa 350 milioni di tonnellate di merci all'anno, non è stato ancora sufficientemente sfruttato a causa sia degli elevati investimenti iniziali che della bassa velocità.
Nonostante la marina mercantile si sia notevolmente sviluppata negli ultimi trent'anni, le sue potenzialità di sviluppo nel lungo periodo appaiono insufficienti rispetto al volume e al tasso di crescita del commercio oltremare del Brasile. Nel 1991, soltanto il 2,6 % delle merci trasportate per via d'acqua viaggiava in container. In Brasile vi sono sedici porti completamente attrezzati e tra questi i più attivi sono quelli di Santos, Rio de Janeiro e Porto Alegre.
Lungo le coste le foci dei fiumi sono navigabili, e soprattutto a Laguna è possibile effettuare escursioni nella laguna salata interna, che ha una superficie di 300km quadrati ed è circondata da bellissime colline e pittoreschi villaggi di pescatori.