I primi abitanti della regione di Santa Catarina furono gli indios Tupi-Guarani e gli indios Bugri nel sud dello Stato, che praticavano primitive forme di agricoltura, ma avevano nella pesca e nella raccolta di molluschi l'attività basica per la loro sussistenza. Gli indizi della loro presenza si rilevano in siti archeologici, i cui reperti più vecchi risalgono al 4800 aC. Già all'inizio del secolo XVI, imbarcazioni di vanganti si fermavano nella isola di Florianopolis per approvvigionarsi di acqua e viveri.

La Bandiera
La Bandiera di Santa Catarina è invece costituita da tre strisce orizzontali di eguale grandezza, due rosse ed una centrale bianca, sovraimpresse da una losanga centrale verde, in cui si posiziona una stella che simboleggia le municipalità, l'aquila la forza produttiva, la chiave simboleggia la posizione strategica dello Stato di Santa Catarina nel sul del Brasile, l'ancora la vocazione marinara, e le foglie di caffè laterali, sono sovrastate da un berretto frigio, che rappresenta il regime repubblicano. Questa bandiera fu adottata la prima volta il 17 novembre 1889, prima proclamazione della Repubblica.

Periodo Coloniale (1530-1822)
Il popolamento della regione litoranea dello Stato di Santa Catarina iniziò con la fondazione di due città da parte di mercanti e cacciatori provenienti da San Paolo e San Vincente. Le città fondate per prime furono San Francisco, Nostra Signora di Desterro (attuale Florianopolis), San Antonio degli Angeli e Laguna
Dopo Colombo, altri navigatori giunsero dall'Europa, e fù probabilmente la nave francese Espoir, comandata da Binot Palmir de Genneville il primo naviglio europeo a sbarcare sulle coste di Santa catarina nel 1504. Dopo questo varie altre spedizioni visitarono Santa Catarina, come quella spagnola del navigatore Juan Diaz Solis nel 1514, che venne assassinato dagli indios a causa di un cattivo primo contatto. I sopravvissuti all'attacco degli indios ritornarono in Spagna, ma fecero naufragio nell'isola di Florianopolis, e gli 11 superstiti si fusero con gli indios carijos locali: furono questi i primi europei a colonizzare Santa Catarina.

Nel 1526, Sebastiano Caboto, per ripararsi da una tempesta, approdò nell'isola di Santa Catarina a cui diede il nome di Santa Catarina, in onore della moglie Catarina Mediano.
Oltre che essere sulla via per lo stretto di Magalhães (accesso al Pacifico), le ragioni che portavano i naviganti a sostare sulle coste di Santa Catarina erano l'abbondanza di acqua dolce, frutta e cacciagione e il buon pescaggio dei fondali per l'attracco, soprattuttoa São Francisco, all'isola di Santa catarina e a Laguna.

Nell'interno intanto veniva fondata, proprio in cima alla sierra, Nostra Signora di Lages.
Nel 1748 cominciarono ad affluire i primi coloni dalle Azzorre, a causa delle pressioni demografiche e dal costante pericolo sismico che si registrò in quelle regioni alla metà del XVIII secolo. Gli Azzorriani contribuirono in modo massiccio al popolamento della regione, portando con loro le radici culturali e religiose tipiche delle Azzorre cattoliche.